一般來說鳥的祖先是始祖鳥，但是這一說法也曾經(jīng)遭受質(zhì)疑，在2011年中國古生物學(xué)家徐星發(fā)表了一篇論文，認(rèn)為始祖鳥與近鳥龍類關(guān)系更近，屬于有羽恐龍的一種，但是過去有長達(dá)百年的時間，人們都認(rèn)為始祖鳥是最早的鳥類，并且也有大量的鳥類獨有骨骼衍征在恐龍化石中發(fā)現(xiàn)，所以它們的界限并不清晰。
如果是按照百年來公認(rèn)的說法來看，那么始祖鳥絕對是目前發(fā)現(xiàn)的最早的現(xiàn)代鳥類，也就是鳥類的第一祖先，畢竟它們都有著很多相似的特征，比如它們都是全身長有羽毛，并且始祖鳥已經(jīng)長出了初級飛羽，次級飛羽，甚至是尾羽和復(fù)羽等，能夠?qū)崿F(xiàn)簡單的滑翔或者低空飛行，腦袋和現(xiàn)代的鳥類非常相似，嘴巴極為尖銳。
但是始祖鳥還是擁有著一些鳥類的過渡性特征，比如它的嘴巴并非是長成角質(zhì)喙，而是長有少量牙齒，其次就是它的前肢有三塊掌骨幾乎沒有完全愈合成全腕掌骨，只有第三掌骨愈合，但是第一、第二并沒有，不過也有科學(xué)家認(rèn)為這可能正好說明了鳥類是由爬行類演化而來的，因此也就是說恐龍和鳥類本身就有著非常近的親緣關(guān)系，所以鳥類演化的界限也比較模糊。
所以始祖鳥是否真的屬于恐龍這一問題也就引起了科學(xué)家的爭論，最終在2011年的時候，中國著名古生物學(xué)家徐星在《自然》上發(fā)表了文章，文章中認(rèn)為始祖鳥應(yīng)該屬于一種帶羽恐龍，而并非鳥類，但是在同年年底也有部分國外專家對此發(fā)表了意見，并且進(jìn)行了分析，最終還是認(rèn)為始祖鳥屬于鳥類的祖先。
其實這也是可以理解的，因為現(xiàn)在有越來越多的帶有羽毛的恐龍化石出土，比如體型最大的華麗羽王龍，還有體型小至10厘米的樹息龍等，它們幾乎全身都長滿了羽毛，只是和現(xiàn)代鳥類不同的是，它們生長的大多不是飛羽，只能起到保暖或者求偶的作用，而這也就說明鳥類和恐龍的分界線將會越來越模糊。
