此后，方亨召集當?shù)刂T生百余人及鄉(xiāng)紳、百姓會于文廟。眾人表示現(xiàn)在江陰已盡歸順，應該沒有大的事情了，方亨說：“只剩下剃發(fā)了。”眾人道：“發(fā)可不剃嗎?”方亨道：“這是大清律法，不可違背。”說罷就回衙了。諸生許用等人聚集不去，在明倫堂共同立誓道：“頭可斷，發(fā)決不可剃!我中國男兒豈可失身!!”。
正在這時，常州府發(fā)來嚴令剃發(fā)的文書，其中就有“留頭不留發(fā)，留發(fā)不留頭”的話。方亨叫書吏把府文寫成布告張貼，書吏寫到這句話時，義憤填膺，把筆扔到地上說：“就死也罷!”消息很快傳遍全城，立刻鼎沸起來。方亨看到江陰士民不從，秘密報告常州府請上司派兵“多殺樹威”。結(jié)果，這封密信被江陰百姓搜獲，于是在閏六月初二日擒住方亨，斬殺清差，推陳明遇為首，以“大明中興”為旗號，自稱江陰義民，正式反清。
陳明遇卻感到自己缺乏軍事組織才能，在他推薦下江陰士民把鄉(xiāng)居的原任典史閻應元迎接入城擔負守城重任。江陰不過是一座小小的要塞，全城僅九萬多人。被百姓們推舉為守城統(tǒng)帥的閻應元既無在揚州抵抗清朝軍隊的一品大學士史可法的十萬大軍，又無在嘉定抵抗清朝軍隊的三品通政使侯峒曾的地位顯赫，但他居然應全城百姓重托，擔當起了九萬平民百姓的指揮官。閻應元入城后，立即把全城的戶口分別丁壯老幼詳加調(diào)查，挑選年輕力壯的男子組成民兵，會合鄉(xiāng)兵分班上城，每個城垛十名，按時換班，分守四門。
在江陰被圍困的八十一天當中。十萬江陰百姓面對二十四萬清軍鐵騎，兩百多門紅夷大炮，血戰(zhàn)孤城，擊斃清軍七萬五千余人，包括親王三名，大將軍十八名。最后城破，屠城，江陰百姓九萬七千余人無一投降，男女老少紛紛與滿人血戰(zhàn)到底，力不能戰(zhàn)者盡皆投井自盡，婦女多貞烈，投河而死。七歲孩童，毅然就義，無一人順從。英勇悲壯，全城僅老幼53人藏于古塔中幸存。閻應元、陳明遇、馮厚敦被后世稱為“江陰抗清三公”。
