明朝的都城南京與北京在地位上曾經(jīng)有些尷尬。北京一直被稱為"行在"，即皇帝及文武百官駐扎的臨時首都。而南京雖然是名義上的都城，但自明成祖以后就沒有皇帝長時間駐扎辦公。實際上，南京的中央機構在決策權上是受限的，因為皇帝在北京，真正的權力掌握在北京的中央機構手中。南京的中央機構在實權上并不具備與之相媲美的地位。因此，南京作為明朝朝廷的備份存在，其象征意義大于實際意義。在權力劃分上，北京擁有決策權，而南京則沒有，這樣的權力分配清晰明確，兩者之間并沒有產(chǎn)生沖突。
盡管多京城制或兩京制并非明朝獨有，但明朝是唯一一個真正擁有兩個首都的朝代，而非其中一個城市是陪都。南京六部（中書省、尚書省、門下省、禮部、吏部、戶部、工部、兵部、刑部）作為中央行政機構，承襲了隋朝的三省六部制度。實際上，南京六部在明朝是負責南直隸、浙江、江西、湖廣等地稅銀的押解，并負責造黃冊放在玄武湖，通過制造黃冊并收取重造手續(xù)費獲得豐厚收益。
南京六部擁有一定實權，南直隸相當于現(xiàn)今的蘇皖滬三個省級單位。同時，由于南京的特殊性，南京六部還要兼管一些南方省份的事務。南直隸沒有設立三司，南京六部雖然規(guī)模不如北京六部龐大，但仍具有一定的權力。南京六部中，刑部相當于現(xiàn)在的按察使司，兵部還要負責南直隸以及三軍都督府的事務，吏部負責南直隸以及南方省份的官吏管理，戶部則負責南方財政，其重要性不言而喻。此外，禮部負責明孝陵以及南京廟宇的祭祀，以及南直隸與南方省份的科舉教育。雖然有些職責屬于禮節(jié)性質(zhì)，但畢竟明孝陵、明祖陵（鳳陽也在南直隸）等重要場所位于南京，因此不容忽視。南京六部管理著南直隸各地事務，其權力可謂相當可觀。
南京六部在升遷和貶謫方面扮演著重要角色。一般進入閣部需要獲得六部銜，出身翰林者至少要在一部擔任正印。通常情況下，這一職位多屬于禮部。由于六部正印只有六個，那么對于許多資歷不足的人來說，他們該如何展示政績呢？這時候，一般會被調(diào)往南京六部擔任尚書或左侍郎，然后等待京城六部的職位空缺，以便能夠直接同級或跨級晉升。
在明朝初期，南京是明朝的首都，宮廷和朝廷大部分時間都在南京。然而，自明成祖朱棣遷都北京后，北京逐漸成為了明朝的政治中心，南京的地位逐漸下降。盡管南京仍然被視為名義上的都城，但實際上的政治和行政權力大部分集中在北京。
北京成為了明朝皇帝的常駐之地，政治決策和行政管理主要在北京進行。重要的官員和機構也多數(shù)駐扎在北京，包括六部、中央機構以及軍事指揮部等。南京雖然保留了一些中央機構，如禮部、刑部等，但它們的權力受到限制，無法與北京的機構相媲美。
南京作為明朝的備份都城存在的意義更多是象征性的。南京仍然擁有一些地方行政和司法權力，但在中央政治和決策層面的權力相對較弱。南京的官員往往需要與北京保持聯(lián)系，以獲取重要決策和晉升的機會。
明朝時期南京與北京之間的權力分配存在一定的復雜性和爭議。盡管南京保留了一些地方行政和司法權力，但在中央政治和行政層面的權力相對較弱，大部分的政治決策和行政管理集中在北京進行。
